Hai copiato l'alias, giusto?
Sembra che non ti stia prendendo l'alias

Ciao, prova a specificare: Magari te lo sta salvando in C:\Users\tuo-utente\AppData\Roaming\mIRC\ o qualche altro posto strano

Ciao,
Come descritto qua: https://en.wikichip.org/wiki/mirc/commands/timer (o in generale, nel manuale utente di mIRC)

/timers [off]
/timer[n|name] [off]
/timer[n|name] [-cdeomhipPrzN] [time] <repetitions> <interval> <code>

Switches

Creation Manipulators

-o - Creates a offline timer
-c ...

No, l'eccezione è per nickname e la gestisci con: In particolare: Se vuoi aggiungere un host, dovresti fare il controllo con $address()

Dovrebbe funzionare anche con % halfop

Hai provato con una copia di David-Bot pulita? Comunque devi essere op nel canale e il bot dev'essere op

Le impostazioni le setti con:
!protezione join ACCESSI:SECONDI

Di default è attivo con 5 accessi in 60 secondi, ovvero:
!protezione join 5:60

Puoi consultare l'aiuto con:
!protezione join

Gli & e ~ sono sempre inclusi, in quanto hanno sempre anche il grado di operatore (@). Infatti il check ...

Ciao, dovrebbe essere ok, l'unica cosa è che se vuoi gestire più canali, dal momento che hai indicato:
on !*:JOIN:#NOME_CANALE,#NOME_CANALE2:{
Poi nei vari if basta che usi l'identificatore $chan o # :
if ($me isop $chan) ...

Non ho verificato l'alias ma a occhio mi sa che c'è il rischio che ...

Sì, certo, la separazione in più file è solo per organizzazione, ma tutto volendo potrebbe stare in un unico file mrc

Dovresti poterlo fare con l'evento ON NICK, aggiungendo un else:

on *:nick:{
if (($calc($regex($newnick,/[A-Z]/g) * 100 / $len($newnick)) > 40)) { badnick_alias2 #NOME_CANALE $newnick }
else { /mode #emule-italian -b ~q: $+ $address($newnick,2) }
}

Così lo rimuove subito, se viene messo un ...